审计中对被审计单位提供的竣工财务决算报表审核时发现，项目竣工财务决算资料不齐全，缺少可行性研究报告、立项批复，或超概算没有调整及其批准文件，缺少项目招标投标过程资料，项目历年投资计划及财政资金预算下达文件等；造成此问题的原因较多，一是被审计单位项目审计对接人在决算前基础工作不到位，未能及时配合审计人员做好资料提供工作。二是竣工财务决算涉及的资料由不同部门保管，项目审计对接人内部协调存在问题，无法取得与竣工决算相关的资料；三是项目施工周期长，主管项目相关负责人频繁更换，资料保存不完整，现任对接人对项目管理过程资料不清楚，无法及时提供；四是项目对接人审计意识薄弱，认为提供部分资料即可满足审计需求而怠于提供完整决算资料。从资金情况审核明细表中的财政资金拨款中的明细项如何划分，所收到的资金是一般公共预算资金还是财政专项资金，很大程度上取决于财政资金预算下达文件是否齐全。实务中，部分项目建设单位未根据资金下达文件进行资金分类，而随意记入相关明细项，导致资金来源分类不准确，资金性质不明晰，造成审计人员无法辨别资金来源类别明细项。项目立项时是一个整体，故资金拨付不分一二期。从项目整体来看，一二期的资金是连贯、延续的，一期决算审计的结余资金势必会影响二期的资金数额。一期竣工决算审计执行不力，审计结果不准确，增加二期审计难度。一期项目完工验收后，审计人员决算审计程序执行不到位，审计经验不足，专业胜任能力有限，使得审计质量不高，导致审定的一期项目投资成本审定数据不准确。在二期决算审计时，必然需关注一期项目的情况，从而加大二期财务决算审计工作量及审计难度。再者是建设单位基建项目核算不清晰。付款审批单或费用报销单填写不规范，误将应属于一期的投资成本写成二期，财务人员未严格审核，机械记账，造成一二期各期投资成本不实。财务基础工作薄弱，部分待摊费用未在专账中核算或未记入项目辅助核算中。部分乡村、街办财务基础工作薄弱，未单独建账进行归集项目待摊费用或未设置明细科目进行辅助核算，导致待摊费用分摊不合理，比如将项目监理费记入经费账中，或将其他项目的设计费、咨询费视为归集到本项目投资成本中。签订一份服务内容为多个项目的设计合同或监理合同，缺乏合理的分摊依据。签订一份包含多个项目的总额费用合同，但未约定各单个项目的费用，合同条款约定不明晰。在费用报销申请及开票结算时，未单独对各单个项目费用进行结算，造成单个项目费用分摊不合理。建立基本建设项目档案管理制度，严格按规定保存完整的项目过程资料，包括项目概算相关文件，可行性研究报告，以及相关部门批复的相关财务报告等，招标文件、施工合同文件，与勘察设计单位签署的勘察设计文件等，施工过程中的主要文件资料包括施工记录、工程变更相关合同、会议记录等，有关的会计及财务管理资料、其他有关资料等。在竣工决算前，项目建设单位人员应做好决算前的基础工作。
关键人员如建设单位项目负责人、财务人员及相关工程技术主管人员确需调离的，应当继续承担或协助做好竣工财务决算相关工作。建设单位应积极配合审计人员做好竣工财务决算审计工作，提高审计意识，明白审计人员是站在专业的角度为建设单位把好基本建设项目投资最后一道关，共同做好审计工作。
财务人员应结合项目批复的预算，根据项目年度财政资金投资计划、资金下达文件进行资金分类，不得随意记入相关明细项，清晰核算资金来源为竣工财务决算报表编制提供基础，实务中，也有个别财政资金拨付未将资金下达文件传递至项目建设单位，项目建设单位需及时与拨付资金的主管部门联系，以明确资金性质及应记入的功能科目，以提高竣工决算财务报表的准确性。
分多期实施的工程项目，根据项目特点，划清分期施工的成本界限。管理方面，建立基本建设项目费用报销、付款审批相关制度，规范费用报销程序及款项支付流程，提高制度执行力。分期进行竣工财务决算审计时，择优选取中介机构，要求专业能力强、工作经验丰富的审计人员实施审计，提高审计质量，根据审计提出或发现的问题，及时整改，并加强后期项目管理。财务核算方面，基建财务会计不仅需做好会计核算，还应保持与项目相关人员的有效沟通，了解项目进度，掌握项目成本的实际发生情况，加强对原始票据的审核及复核，清晰核算基建项目成本。
财务人员要时刻保持学习心态，顺应时代变化，坚持学习各项法律法规、规章制度及相关专业知识。加强会计原始单据的审核，遵守职业操守，按规章制度开展各项工作，提高会计核算工作准确性，保障财务核算的合法性、规范性。按要求单独建账核算或设置明细科目进行辅助核算。对于一个总额服务合同涉及多个项目的费用分摊，在合同签订时，合同条款内容应尽量清晰明了，明确各单个项目的计费标准，便于后期工作的开展。
在项目执行完后，无法明确合同具体条款时，应根据各单个项目的性质特点，选择合理的分摊标准，保障项目待摊费用分摊的合理性，如采用工作量法或根据受益原则进行分摊。在费用报销及款项支付环节，可要求服务单位根据各单个项目的费用分别开具发票，款项分别支付，便于财务核算清晰准确。
基本建设工程项目审计是一项复杂的系统工程，该工程中所涉及的内容较多，因此在审计方法的选择以及程序的安排上，相对较为复杂，需综合考量审计内容、对象、主体等多方面因素。工程项目自筹建至落实，审计工作始终贯穿其中，而所有工作的开展则围绕着项目投资活动。被审计内容包工程自筹建至竣工中的项目投资效益、招投标、工程造价、概预算等；被审计的对象则包括多个主体单位，包括咨询单位、施工单位、勘察设计单位等。审计的核心是对项目工程的概预算直至最终的工程竣工决算进行合理科学的监管和控制。
基于项目自筹建至竣工过程中审计的重要性作用，审计单位的专业性就尤为重要，要求审计单位具备良好的专业能力，具备良好的专业素养，对其本职工作能够胜任。审计工作开展的基础是相关法律法规，这就要求审计人员能够深入掌握相关法律法规，对审计工作的工作流程和职业要求有着充分的掌握，同时对于工程领域的基本规定以及相关技术知识要有所了解。因此，为了给项目在其建设管理过程中，更严谨，科学，作为审计人员，更应该提升自身职业素养，为项目建设贡献自身所学，保证项目顺利完成。